上海长征医院设有59个科室、21个临床教研室，有博士授权学科28个，硕士授权学科33个，为临床博士后流动站。医院有11个国家重点学科， 11个全军医学研究所（中心），6个上海市重点学科、研究所，4个上海市质控中心。是全军实验诊断重点实验室，国家药品临床研究基地，军队药品临床研究基地。
医院技术力量雄厚，现有高级职称专业技术人员244名，其中中国工程院院士1名， “长江学者、特聘教授”各1名，“国家杰青”3名，在职三级以上教授11名，享受国务院颁发的政府特殊津贴人员47名，6人被原总政治部和国家人事部批准为有突出贡献的中青年专家。共40余人获得国家“百千万人才计划”、上海市“百人计划”、“曙光计划”、“科技启明星计划”、“领军人才”。10余人次评为上海市“十大科技精英”、“十大杰出青年”、“十佳医师”、“十佳护师”。7人为总后勤部科技银星、科技新星。11人荣获上海市青年医务人员最高荣誉奖“银蛇奖”。担任国际、国内学术组织重要职务505个。
医院先后承担国家、军队、地方大量科研攻关课题，获得国家科技进步一等奖1项、国家科技进步二等奖3项（2018年获得国家科技进步一等奖1项，二等奖一项，全医科院校排名第一）、国家教育部全国高等院校优秀研究成果科学技术进步二等奖1项、中华医学科技一等奖1项、上海市科技进步一等奖3项、军队医疗成果一等奖5项、上海市医学科技一等奖4项、省部级二等奖20余项，还获得了国家、军队、上海市教育研究成果奖10余项；获得省部级以上科研项目800余项，资助金额2.42亿元，其中国家自然科学基金300余项；发表SCI收录论文2000余篇。目前，医院设一个师旅级党委，下辖1个团级党委，5个党总支，党员1200余人。医院始终履行“姓军为战、姓军为兵”历史使命，牢记“救死扶伤、服务军民”宗旨和“立德惟长、技卓以征”院训，大力弘扬“艰苦奋斗、爱民奉献、团结和谐、勇创一流”的“长征精神”。医院先后被评为全国“双拥模范单位”、“全国医院文化建设先进单位”、上海市卫生系统“医院文化建设十佳单位”。
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